Siamo all’inizio del diciannovesimo secolo e il giovane dottor Noboru Yasumoto è stato convocato per una ragione a lui sconosciuta alla clinica medica rurale di Koishikawa da Nagasaki, dove è stato di stanza per tre anni per completare il suo internato. La clinica, guidata dal severo Dr. Kyojô Niide – soprannominato “Barba Rossa” per quell’attributo – secondo le sue linee guida molto rigorose, tratta i poveri e gli svantaggiati della regione. Con sua grande sorpresa e sgomento, a Yasumoto viene detto che deve iniziare a lavorare lì immediatamente, il personale, compresi i medici, che vive sul posto. Poiché si aspettava una posizione come medico per uno shogunato nel suo privilegio, Yasumoto mostra il suo disappunto per questo destino in ogni momento. Crede che questo destino sia stato orchestrato direttamente da Barba Rossa nel volere solo l’accesso ai suoi dettagliati appunti professionali – Yasumoto credeva che fosse un medico molto migliore del suo nuovo superiore più esperto – o dal padre di una conoscente femminile nel tentativo di sbarazzarsi di lui. Yasumoto potrebbe avere una prospettiva diversa della vita come medico presso la clinica nel vedere in prima persona i metodi di Barba Rossa, mentre conosce le storie di alcuni dei pazienti ricoverati presso la clinica e quando gli viene assegnato il suo primo paziente , Otoyo, una ragazza orfana di dodici anni che è cresciuta in un bordello abusivo nel tentativo di sigillare il suo presunto futuro.
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