Gli eventi di questo film si svolgono nel lasso di tempo che intercorre fra Sakura Wars 3 e Sakura Wars 4. Lachette Altair viene spedita nella capitale dell'impero, Tokyo, da New York per lavorare insieme alla Flower Division, corpo speciale delle forze di assalto imperiali, per sostituire il comandante del gruppo, Ichiro Ogami, che invece si trova a Parigi. Nel frattempo, Douglas-Stewart, una compagnia americana guidata dal sinistro presidente Brent Furlong, presenta un piano per rendere la divisione obsoleta. Quando il comandante Ikki Yoneda viene catturato e l'intera divisione viene messa in standby a tempo indeterminato, le sorti della Flower Division e dell'intera Tokyo sono in gioco
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