Tre anni dopo gli eventi nel film Alla ricerca dell'isola di Nim, l'isola affronta una nuova sfida. Gli operatori della nave del bucaniere hanno avuto il permesso per sviluppare un resort dei pirati sull'isola e Nim e suo padre si dedicano a piani separati per fermarli. Nel frattempo, un ragazzo di città, Edmund, che incontrò già in precedenza Nim e decise di volerla rivedere, è fuggito da casa sull'isola, portando involontariamente anche i bracconieri. Con suo padre Jack Rusoe lontano sulla terraferma, Nim deve imparare a collaborare con Edmund per salvare l'isola dai bracconieri…
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